復旦大學在職軟件工程碩士（MSE）以市場為導向：在課程設置、教學內容、培養方式、師資建設以及教務和學生管理制度等方面，更加突出市場的導向作用。即市場對于軟件人才的要求和軟件人才對于教育的需求。特別是，深入行業部門，發展面向行業的人才培養。

    個性化的教育服務：采用在職不脫產的學習方式，實行完全學分制，彈性學制，以滿足學生多層次、多方面、個性化的需求。學生在2—4年內，自主選課，修滿12門課（36學分），完成學位論文（4學分）且通過論文答辯，授予工程碩士專業學位。